Pubblicato da: spaghettovolante | 19 febbraio 2010

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Creazionismo: semplicemente stupido

Nel ringraziare la premiata ditta Biccio & Mihael per aver duplicato il piagnisteo http://antidarwin.wordpress.com/2010/02/15/chi-si-comportava-da-uomo-750-000-anni-fa/ riguardo al sermone precedente (per la precisione sul simpatico blog Etica e Morale e sul sito della prestigiosa Arianna editrice) per l’incremento di visite, faccio notare ai fedeli che, per pura cortesia, ho replicato subito con un aggiornamento in calce al sermone in oggetto, che riporto qui per darvi la doverosa visibilità, ricambiando (spero) il favore in termini di visite.

AGGIORNAMENTO:

O fedeli, abbiamo avuto l’onore di essere citati da Mihael, che se l’è presa un pochino

http://antidarwin.wordpress.com/2010/02/15/chi-si-comportava-da-uomo-750-000-anni-fa/

Mihael ci chiede,

È del tutto normale che degli archeologi non scompiglino, in base ad un reperto, per quanto importante, l’intera storia evolutiva dell’uomo. Vedremo, appunto, come le loro conclusioni saranno incorporati nelle attuali teorie: o si decide che anche Homo erectus era sapiens, o si sposta indietro l’emergenza del Homo sapiens. Una questione di … pelo. Poiché non siamo bene informati, preghiamo quelli dello spaghetto volante di spiegarci in base a quali reperti è costruita l’evoluzione (o involuzione) della pelosità dei primati.

Come ho detto più volte, come questa Chiesa non dibatte con astrologi, seguaci dell’omeopatia, schiachimisti, ufologi, teorici della Terra Piatta/Cava ecc…ecc…, e in particolare si guarda bene da dare una parvenza di dignità al dibattito coi creazionisti. Come ho letto una volta, discutere con costoro è utile quanto discutere col chihuahua di Paris Hilton.

a cuccia

Anche perché, se vogliamo veramente divertirci, in numerosi sermoni http://it.wordpress.com/tag/aiso/ ho chiesto alla AISO (haha) di rispondere alla sfida lanciata al Discovery Institute. Non a me, che sono solo una povera forchetta nelle mani del PSV, ma a loro.

Mihael, ricordati di ritirare dal mercato tutte le copie di “oltre le colonne d’ercole”, se non altro per far sapere ai lettori che la salamandra è un anfibio e non un rettile.

https://spaghettovolante.wordpress.com/2010/01/11/terminologi/

RAmen

Da ultimo, e qui torniamo al titolo del presente sermone, mi dedicherò prossimamente a codesto articolo http://antidarwin.wordpress.com/2010/02/17/le-mutazioni-nel-genoma-batterico-non-spiegano-l’evoluzione/, sembra che ultimamente Mihael sia instancabile. Lo stesso non si può dire di me, ma sicuramente l’articolo è talmente spassoso (volevo dire stupido, ma come vedete so trattenermi) che non si può proprio resistere.

RAmen


Responses

  1. Spago, questo Bulgaro e’ un millantatore o, peggio, un imbroglione. Vende intenzionalmente fischi per fiaschi raccontando un fracco di balle. dato che stai meditando un sermone sull’argomento, ti mando quello che avrebbero risposto gli autori dell’articolo e del commento citati da questo signore:

    1) Millantatore:
    Secondo i modelli matematici della genetica delle popolazioni, che è parte della teoria sintetica dell’evoluzione (R.A. Fisher, 1930; S. Wright, 1932), l’accumulo progressivo di mutazioni porterebbe ad un migliore adattamento della specie. Le osservazioni hanno invece smentito il modello teoretico: mentre l’accumulo di mutazioni è lineare, l’adattamento ha avuto una brusca decelerazione, mostrando andamento circolare. Come dire che più di tanto il batterio non cambia. L’ipotesi più plausibile per spiegare il fenomeno è che la maggior parte delle mutazioni sono neutrali, ovvero né benefiche né nocive, per cui non influiscono sull’adattamento della specie.

    Barrick et al.:
    The near-linearity of the trajectory for genomic evolution is rather surprising, given that such constancy is widely taken as a signature of
    neutral evolution, whereas the fitness trajectory for this population shows profound adaptation that is strongly nonlinear.[circolare?]
    In particular, the rate of fitness improvement decelerates over time […]
    [no, non e’ circolare]
    The simplest hypothesis that could explain the discrepancy between the nearly constant rate of genomic change and the sharply decelerating fitness trajectory posits that only a small fraction of all substitutions are beneficial, whereas most are neutral or nearly so […] However, four
    lines of evidence allow us to reject this explanation. […][tralascio i punti 1, 2 e 3, sono interessanti, ma non rappresentano una prova diretta, solo inferenze]
    Fourth, strains with these mutations should have no fitness advantage under the neutral drift hypothesis. To date, isogenic strains with ancestral and derived alleles have been constructed at nine loci. In all but one case, the derived allele confers a significant advantage in competition (Table 2). The exception (ompF) might also be beneficial in combination with other mutations present in the genetic background in which it evolved, especially because parallel mutations arose in other populations (Table 1).

    Da qui si capisce che la maggioranza delle mutazioni, almeno quelle puntiformi (testabili facilmente con le tecniche attuali di ingegneria genetica) HANNO UN VANTAGGIO EVOLUTIVO per i batteri coltivati in quel modo. La cosa strana e’ come queste si sarebbero accumulate nel tempo, non che non esistano delle mutazioni favorevoli.

    2) Millantatore:
    Le mutazioni benefiche sono state sorprendentemente poche e costanti nel tempo, e con il tempo hanno esaurito l’effetto benefico. “Il rapporto tra l’evoluzione genomica e adattativa” – scrivono gli autori – “è complesso e risulta contro intuitivo persino in ambiente costante”. Nel suo commento editoriale (pp. 1219-21), Paul B. Rainey specifica che la discordanza tra i cambiamenti nel genoma e l’evoluzione dell’organismo batterico “ci lasca in una posizione scomoda (..) la complessità del rapporto tra tempo e modalità dell’evoluzione a livello del genoma e dell’organismo provoca un certo disagio e consiglia cautela nel derivare le modalità dell’evoluzione dell’organismo dalla velocità dell’evoluzione del genoma”. Come dire che nel genoma si verificano mutazioni, ma non è chiaro il loro impatto sull’evoluzione dell’organismo

    Commentatore di Nature:
    Arrhythmia of tempo and mode
    Paul B. Rainey

    In his seminal book Tempo and Mode in
    Evolution1, palaeontologist George Gaylord
    Simpson argued for the value of distinguishing
    between the tempo of evolutionary change
    (the rate) and its mode (the process); moreover,
    he argued that tempo could be used to
    infer mode.[…descrive l’articolo…]
    These discordant facts leave us in an uncomfortable
    position: the clock-like tempo of
    genomic evolution suggests a neutral mode
    of organismal evolution, but the tempo of
    organismal evolution bears the hallmarks
    of evolution by natural selection. Fortunately,
    evolution experiments with microbes offer
    opportunities to delve into mechanistic detail,
    and Barrick et al. do just that. They present
    compelling evidence that THE MAJORITY OF MUTATIONS arising over the first 20,000 generations of evolution ARE BENEFICIAL AND THAT THEIR FIXATION IS DUE TO NATURAL SELECTION . […]
    The complexity of the relationship between
    tempo and mode of evolution at the genomic
    and organismal levels is the cause of some
    unease, and suggests that caution needs to be
    exercised in inferring mode of organismal evolution
    from rates of evolution evident in DNA.

    Quindi L’EFFETTO DELLE MUTAZIONI E’ CHIARISSIMO A LIVELLO DELL’ORGANISMO, cio’ che invece risulta disturbante e’ che queste si accumilino in modo apparentemente costante nel tempo. Questo farebbe pensare alla neutralita’ delle muatzioni in questione, ma le evidenze sperimentali dicono che cosi’ non e’. Quindi, conclude il Commentatore, dall’andamento temporale di dell’accumulo di mutazioni non deriva necessariamente la conoscenza del fenomeno evolutivo che ne ha decretato la fissazione nella popolazione. In parole povere: e’ bene non fare troppe deduzioni basate solo su osservazioni sperimentali parziali, in particolar modo nell’ambito degli studi evoluzionistici.

    3) Millantatore:
    Per riassumere, le mutazioni riguardano pochi geni. La maggior parte dei cambiamenti sono neutrali, mentre quelle benefiche sono poche, limitate come tipologia, e il loro vantaggio evolutivo si esaurisce con il tempo.

    Barrick et al.:
    the most beneficial mutations should dominate the early phase of evolution for large populations in
    a new environment, but there are more potential mutations that confer small advantages than large ones. Thus, the supply of contending beneficial mutations may increase enough to sustain a
    uniform rate of overall genomic change.It may also be relevant that some early substitutions, which contributed the most to fitness improvement, involve global regulatory functions including the stringent response and DNA supercoiling. These mutations have pleiotropic effects on the expression of many genes, and although these changes are beneficial on balance, some of their side effects are probably deleterious. These maladaptive side effects may introduce new opportunities for compensatory changes that restore appropriate expression of other genes and thereby further increase the supply of mutations conferring small advantages.

    Qundi esistono diverse tipologie di mutanti positivi. Alcuni, quelli che possono dare origine a grossi cambiamenti fenotipici, sono selezionati all’inizio, altri sono selzionati dopo per fare degli”aggiustamenti”. Questi mutanti “minori” continuano ad accumularsi nel tempo, cosi’ come la fitness contiunua ad aumentare, un po’ alla volta.

    4) Millantatore:
    I cambiamenti verificatesi nel genoma non portano da nessuna parte, i loro effetti sono “contro intuitivi”, cioè paradossali per coloro che vedono la natura in chiave evoluzionista; smentiscono i modelli teoretici classici della teoria dell’evoluzione e semmai spiegano la stasi evolutiva piuttosto che il processo evolutivo.

    Barrick eta la.:
    Here we sequence genomes sampled through 40,000 generations from a
    laboratory population of Escherichia coli. Although adaptation decelerated sharply, genomic evolution was nearly constant
    for 20,000 generations. Such clock-like regularity is usually viewed as the signature of neutral evolution, but several lines of
    evidence indicate that almost all of these mutations were beneficial.[…] Thus, the coupling between genomic and adaptive evolution is complex and can be counterintuitive even in a constant environment. In particular,
    beneficial substitutions were surprisingly uniform over time, whereas neutral substitutions were highly variable.
    […]
    We observed discordance between the rates of genomic change and fitness
    improvement during a 20-year experiment with E. coli in two respects.
    First, mutations accumulated at a near-constant rate even as fitness
    gains decelerated over the first 20,000 generations. Second, the rate of
    genomic evolution accelerated markedly when a mutator lineage
    became established later. The fluid and complex coupling observed
    between the rates of genomic evolution and adaptation even in this
    simple system cautions against categorical interpretations about rates
    of genomic evolution in nature without specific knowledge of molecular and population-genetic processes. Our results also call attention to new opportunities for population-genetic models to explore the longterm dynamic coupling between genome evolution and adaptation, including the effects of clonal interference, compensatory adaptation, and changing mutation rates.

    Gli autori, stranamente, non concludono come il Bulgaro. Loro pensano che gli aspetti controintuitivi della loro ricerca non supportino il modello della stasi, almeno non necessariamente: la fitness continua sempre a crescere, anche se diminuisce di velocita’. Quella che non viene supportata e’ la teoria della neutralita’, a ben vedere (ma io non sono sicuro nemmeno di questo). Il rate di mutazione e’ costante nel tempo, ma sono tutte mutazioni positive (pur con effetti diversi), non neutrali.

    5) Millantatore:
    i risultati – dal punto di vista della conferma o della migliore spiegazione dei meccanismi della supposta evoluzione – sono piuttosto deludenti. I cambiamenti nel genoma appaiono sempre più circoscritti all’interno di ciascun tipo di organismo e non una fonte di trasformazione in un altro tipo.

    Lascio rispondere a Beaumont et al., Nature 2009:
    Bet hedging—stochastic switching between phenotypic states—is a canonical example of an evolutionary adaptation that facilitates persistence in the face of fluctuating environmental conditions. […] Here we report the de novo evolution of bet hedging in experimental
    bacterial populations. Bacteria were subjected
    to an environment that continually favoured new phenotypic states. Initially, our regime drove the successive evolution of novel phenotypes by mutation and selection; however, in two (of 12) replicates this trend was broken by the evolution of bet-hedging genotypes that persisted because of rapid stochastic phenotype switching. Genome re-sequencing of one of these switching types
    revealed ninemutations that distinguished it fromthe ancestor. The final mutation was both necessary and sufficient for rapid phenotype
    switching; nonetheless, the evolution of bet hedging was contingent upon earlier mutations that altered the relative fitness effect of the final mutation.

    Quindi un tratto fenotipico complesso, l’intraducibile bet hedging, puo’ evolversi da una popolazione di batteri che prima non la mostrava, e questo dipende da una serie di eventi di mutagenesi, da una storia evolutiva di eventi contingenti. Quindi un tipo di organismo si puo’ trasformare in un altro mediante cambiamenti genomici, alla faccia di MG.

    scusa per la lunghezza, non voglio scrivere io il sermone, ma il Bulgaro mi ha fatto incazzare.

    RAMEN

  2. Michelangelo, io non posso fare altro che ringraziarti e il tuo commento sarà utilissimo nella stesura del futuro sermone.

    Sei, è evidente, un addetto ai lavori, quindi mi permetto di farti una domanda: indipendentemente da dove venga l’informazione, non ti sembra un pochino inappropriato paragonare le 40000 generazioni del coli, a un numero equivalente di generazioni umane, per di più estrapolandone un arco temporale?

    Voglio dire, in un caso sono organismi unicellulari a riproduzione asessuata, nell’altro pluricellulari a riproduzione sessuata.
    Inoltre, genoma circolare con senza introni propriamente detti e con una porzione codificante di circa il 90% con un totale di circa 4000 geni e qualche milione di paia basi, contro uno pieno di introni, con tre miliardi di paia basi e decine di migliaia di geni, e alla fine più del 90% del genoma non codifica proteine.

    So che le cose sono molto più complesse e che i numeri sono destinati a cambiare, ma ai fini del confronto direi che ci sono informazioni sufficienti per rigettare un paragone così semplicistico.

    RAmen

  3. Una volta si diceva “non esistono grandi poeti bulgari”.
    Mihael è bulgaro.
    Non è neanche un poeta.
    Chissà cosa ha in mente per lui Sua Pastosità, RAmen.

  4. <>

    Allora è un cantante!
    http://complottiamo.blogspot.com/2010/02/stasera-continua-il-festival.html
    😀

    Michele.

  5. Lo vedrei più in queste vesti, nazionalità a parte

  6. Ottima spiegazione davvero Michelangelo!

  7. Chiedo scusa per l’intrusione fuori tema… ho la seconda parte delle slide che ti ho dato, marcoz.
    Interessa?

    Da che punto ti mancano? Dalla 6, dalla 7?

    Fammi sapere se le vuoi che ti faccio un altro mega upload.

    RAmen

  8. Gentile, Andromeda, ringrazio anticipatamente e segnalo che ho i pdf fino al 7 compreso.

    Buona domenica

  9. http://www.megaupload.com/?d=94I18XXB

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    http://www.megaupload.com/?d=AMT3ZLZ1

    fammi sapere se hai problemi

    Ho altro materiale specificatamente sulla storia evolutiva dei vertebrati più in dettaglio, è un po’ più tecnico ma è interessante. In caso fammi sapere.

    RAmen

  10. questi dovrebbero rimediare ai tre che non ti si attivano…

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  11. L’unico file che non riesco a scaricare è l’ottavo.

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  13. L’8 è stregato. Provo domani, poi ti faccio sapere.
    Grazie, comunque e buona serata.

  14. Ce l’ho fatta.
    Ari-grazie.

  15. Tutto è bene quel che finisce bene.

    RAmen

  16. […] https://spaghettovolante.wordpress.com/2010/02/19/prossimamente/#comment-2401 […]


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